LABORATORIO DE URGENCIAS

Causa Principal de la Enfermedad Inflamatoria Intestinal.

                                                                                            T. Stankey, C. Bourges, L. M. Haag, T. Turner Stokes, A.Piedade,                                                                                    C. Palmer-Jones, I.Papa, M. Silva dos Santos, J. C. Lee et al

                                                                                                               Nature (June, 2024); volume 630, pages 447–456

Casi el 5 % de la población mundial padece una enfermedad autoinmune o inflamatoria. Estas afecciones heterogéneas, que abarcan desde la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa (en conjunto, enfermedad inflamatoria intestinal [EII]) hasta la psoriasis y el lupus, requieren mejores terapias, pero solo el 10 % de los fármacos que entran en desarrollo clínico llegan a ser aprobados. Esta alta tasa de fracaso se debe principalmente a la falta de eficacia y refleja nuestro escaso conocimiento de los mecanismos de la enfermedad. La genética ofrece una oportunidad única para abordar este problema, ya que cientos de loci están directamente relacionados con la patogénesis de las enfermedades inmunomediadas. De hecho, los fármacos que actúan sobre las vías implicadas por la genética tienen una probabilidad mucho mayor de ser eficaces.
Para aprovechar plenamente el potencial de la genética, el conocimiento de la ubicación de las variantes de riesgo debe traducirse en una comprensión de cómo estas impulsan la enfermedad. Los modelos animales pueden ser útiles en este sentido, especialmente para las variantes codificantes en genes conservados. Desafortunadamente, la mayoría de las variantes de riesgo no se encuentran en el ADN codificante, sino en regiones genómicas no codificantes menos conservadas. Dilucidar la biología de estos loci es una tarea formidable, ya que la misma secuencia de ADN puede funcionar de manera diferente según el tipo de célula y/o los estímulos externos. Se cree que la mayoría de las variantes no codificantes afectan la regulación génica, pero las dificultades para identificar los genes causales, que pueden estar a millones de bases de distancia, y los tipos celulares causales, que pueden expresar los genes implicados solo bajo ciertas condiciones, han obstaculizado los esfuerzos para identificar los mecanismos de las enfermedades. Por ejemplo, aunque los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) han identificado más de 240 loci de riesgo de EII, incluyendo varios posibles objetivos farmacológicos, se ha dilucidado el mecanismo de menos de 10.

Mecanismos moleculares en el cromosoma 21q22
Algunas variantes genéticas predisponen a múltiples enfermedades, lo que resalta tanto su importancia biológica como la oportunidad de estudiar mecanismos de enfermedad compartidos. Un ejemplo notable es una región intergénica en el cromosoma 21q22 (chr21q22), donde el haplotipo del alelo mayor predispone a cinco enfermedades inflamatorias. Estas regiones, originalmente denominadas «desiertos genéticos» debido a la ausencia de genes codificantes, suelen contener genes identificados en estudios de asociación del genoma completo (GWAS), pero su mecanismo genético es poco conocido.
Para investigar un mecanismo de enfermedad común, realizamos análisis de colocalización y confirmamos que la base genética de cada enfermedad era la misma, lo que implica la existencia de una o varias variantes causales comunes y un efecto molecular compartido. Dado que estas enfermedades heterogéneas están mediadas por el sistema inmunitario, dedujimos que este locus debía contener un potenciador distal que actuara en las células inmunitarias. Mediante el análisis de datos de secuenciación por inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq) de H3K27ac, que marcan los potenciadores y promotores activos, identificamos un potenciador específico de monocitos/macrófagos dentro del locus. Los monocitos y macrófagos desempeñan un papel fundamental en muchas enfermedades inmunomediadas, ya que producen citocinas que suelen ser objeto de terapias dirigidas.
A continuación, nos propusimos identificar el gen regulado por este potenciador. Aunque el locus asociado carece de genes codificantes, existen varios candidatos cercanos que se han destacado en estudios previos, incluidos PSMG1, BRWD1 y ETS2.
Utilizando datos de Hi-C de captura de promotor y de loci cuantitativos de expresión (eQTL) de monocitos humanos, encontramos que el locus asociado a la enfermedad interactúa físicamente con el promotor de ETS2 —el gen candidato más distante (a unos 290 kb de distancia)— y que el haplotipo de riesgo se correlaciona con una mayor expresión de ETS2.
Se observó que el aumento de la expresión de ETS2 en monocitos y macrófagos, tanto en reposo como tras una exposición temprana a bacterias, tenía la misma base genética que el riesgo de enfermedad inflamatoria. Para confirmar directamente que ETS2 era la causa, utilizamos CRISPR-Cas9 para eliminar la región potenciadora de 1,85 kb en monocitos humanos primarios antes de cultivar estas células con ligandos inflamatorios, incluyendo TNF (una citocina proinflamatoria), prostaglandina E2 (un lípido proinflamatorio) y Pam3CSK4 (un agonista de TLR1/2). Este modelo se diseñó para imitar la inflamación crónica y se asemeja más a los macrófagos de la enfermedad que los modelos clásicos impulsados ​​por IFNγ o IL-4. Dado que no se disponía de anticuerpos para citometría de flujo para los genes candidatos, utilizamos PrimeFlow para medir la dinámica de la expresión de ARNm y detectamos niveles aumentados de los tres genes (ETS2, BRWD1 y PSMG1) tras la estimulación con TPP de monocitos no editados. La eliminación del potenciador chr21q22 no afectó la expresión de BRWD1 ni de PSMG1, pero la sobreexpresión de ETS2 se redujo drásticamente, lo que confirma que este efecto pleiotrópico El locus contiene un potenciador distal de ETS2.
Para identificar la variante causal, realizamos un mapeo estadístico de alta resolución en un estudio de asociación del genoma completo (GWAS) de la enfermedad inflamatoria intestinal (EII). Lamentablemente, este método no permitió dilucidar la asociación debido al elevado desequilibrio de ligamiento entre los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) candidatos. Por lo tanto, utilizamos un enfoque funcional para delimitar primero los potenciadores activos en el locus y, posteriormente, evaluar si algún SNP candidato podría alterar la actividad del potenciador. Este método, denominado ensayo de reportero masivamente paralelo (MPRA), analiza simultáneamente la actividad del potenciador en miles de secuencias cortas de ADN, acoplando cada una a un gen reportero con un código de barras único. Las secuencias que alteran la expresión génica se identifican normalizando el número de copias del código de barras en el ARNm, extraído de células transfectadas, con respecto a sus copias correspondientes en la biblioteca de ADN de entrada. Tras adaptar el MPRA para macrófagos primarios, sintetizamos un conjunto de oligonucleótidos superpuestos para cubrir la región de 2 kb que contiene todos los SNP candidatos, e incluimos oligonucleótidos con alelos de riesgo o no riesgo para cada variante. La biblioteca resultante se transfectó en macrófagos inflamatorios de múltiples donantes, asegurando así que un repertorio fisiológico de factores de transcripción pudiera interactuar con las secuencias genómicas. Mediante un análisis de ventana deslizante, identificamos un único foco de actividad potenciadora de 442 pb que contenía tres (de siete) SNP candidatos. Dos de estos polimorfismos eran transcripcionalmente inertes, pero el tercero (rs2836882) presentaba el efecto modulador de la expresión más potente de todos los SNP candidatos, con el alelo de riesgo (G) aumentando la transcripción, lo que concuerda con el eQTL ETS2. Este SNP se encontraba en el conjunto creíble de todos los rasgos moleculares colocalizados y se ubicaba dentro de un pico de ChIP-seq de PU.1 en macrófagos. PU.1 es un factor pionero no clásico en células mieloides que puede unirse al ADN, iniciar la remodelación de la cromatina (permitiendo así la unión de otros factores de transcripción) y activar la transcripción. Para determinar si el polimorfismo rs2836882 podría afectar la unión de PU.1, identificamos datos de ChIP-seq de PU.1 en macrófagos heterocigotos y analizamos los desequilibrios alélicos en la unión. A pesar de no estar dentro de un motivo canónico de PU.1, se detectó una fuerte unión específica de alelo, con una unión más de cuatro veces mayor al alelo de riesgo rs2836882. Esto se replicó mediante el genotipado del ADN unido a PU.1 en macrófagos de cinco donantes heterocigotos.
El análisis de secuenciación de cromatina accesible a la transposasa (ATAC-seq) de monocitos y macrófagos de heterocigotos rs2836882 reveló diferencias alélicas en la accesibilidad de la cromatina que eran consistentes con la unión diferencial de un factor pionero.
Para evaluar la actividad potenciadora específica de alelos en el locus endógeno, realizamos un análisis ChIP-seq de H3K27ac en macrófagos inflamatorios de homocigotos para los alelos mayor y menor de rs2836882. Si bien la mayoría de los picos potenciadores del cromosoma 21q22 fueron similares entre estos donantes, la actividad potenciadora sobre rs2836882 fue significativamente más fuerte en los homocigotos para el alelo mayor (de riesgo), lo que contribuyó a un aumento aproximado de 2,5 veces en la actividad a lo largo del locus. En conjunto, estos datos revelan un mecanismo mediante el cual la presunta variante causal en el cromosoma 21q22 —identificada por sus efectos funcionales en macrófagos primarios— promueve la unión de un factor pionero, mejora la accesibilidad de la cromatina e incrementa la actividad de un potenciador distal de ETS2.

La inflamación de los macrófagos requiere ETS2.
ETS2 es un factor de transcripción de la familia ETS y un protooncogén, pero su función exacta en los macrófagos humanos no está clara. Estudios previos han utilizado líneas celulares o modelos complejos de ratón y han evaluado un número limitado de posibles dianas. Esto ha dado lugar a informes contradictorios, describiendo a ETS2 como necesario y redundante para el desarrollo de los macrófagos, y tanto proinflamatorio como antiinflamatorio. Para aclarar la función de ETS2 en los macrófagos humanos y determinar cómo la expresión desregulada de ETS2 podría contribuir a la enfermedad, utilizamos un enfoque de pérdida de función basado en CRISPR-Cas9. Para controlar los efectos fuera de diana, se diseñaron dos ARN guía (ARNg) dirigidos a diferentes exones de ETS2, se validaron y se incorporaron individualmente a ribonucleoproteínas Cas9 para su transfección en monocitos primarios. Estos ARNg produjeron una edición específica en aproximadamente el 90 % y el 79 % de las células, respectivamente, y redujeron eficazmente la expresión de ETS2.
También analizamos la producción extracelular de especies reactivas de oxígeno (ROS), un factor clave en el daño tisular inflamatorio. La inactivación de ETS2 redujo drásticamente el estallido oxidativo de los macrófagos, probablemente al disminuir la expresión de componentes clave de la NADPH oxidasa. En conjunto, estos datos sugieren que ETS2 es esencial para múltiples funciones inflamatorias en los macrófagos humanos.
Para comprender la base molecular de estos efectos, realizamos secuenciación de ARN (RNA-seq) de macrófagos inflamatorios con y sin edición de ETS2, procedentes de diversos donantes. La inactivación de ETS2 provocó cambios transcripcionales generalizados, con una expresión reducida de muchos genes inflamatorios. Estos incluyeron citocinas (como TNFSF10/TRAIL, TNFSF13, IL1A e IL1B), quimiocinas (como CXCL3, CXCL5, CCL2 y CCL5), moléculas efectoras secretadas (como S100A8, S100A9, MMP14 y MMP9), receptores de superficie celular (como FCGR2A, FCGR2C y TREM1), receptores de reconocimiento de patrones (como TLR2, TLR6 y NOD2) y moléculas de señalización (como MAP2K, GPR84 y NLRP3). Para caracterizar mejor las vías afectadas, realizamos un análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes (fGSEA) utilizando el conjunto de datos de vías biológicas de Gene Ontology (GO). Esto corroboró los déficits funcionales, siendo las vías más negativamente enriquecidas las relacionadas con la activación de macrófagos, la producción de citocinas inflamatorias, la fagocitosis y la producción de ROS. Los genes implicados en la migración de macrófagos también se regularon negativamente, pero aquellos relacionados con la diferenciación de monocitos a macrófagos no se vieron afectados, lo que concuerda con la necesidad de ETS2 para las funciones inflamatorias, pero no para el desarrollo de macrófagos derivados de monocitos. Se observó una regulación positiva de menos genes tras la interrupción de ETS2, pero se detectó un enriquecimiento positivo para la respiración aeróbica y la fosforilación oxidativa (OXPHOS), procesos metabólicos vinculados a fenotipos antiinflamatorios. Cabe destacar que estos efectos transcripcionales no se debieron a cambios importantes en la accesibilidad de la cromatina, aunque la actividad del potenciador se redujo en general. Como era de esperar, la deleción del potenciador chr21q22 reprodujo tanto los efectos transcripcionales como funcionales de la interrupción de ETS2. En conjunto, estos datos identifican un papel esencial de ETS2 en las respuestas inflamatorias de los macrófagos, lo que podría explicar por qué la expresión desregulada de ETS2 predispone a la enfermedad. De hecho, se observó una expresión diferencial de genes regulados por ETS2 en macrófagos en reposo (M0) de pacientes con EII estratificados por genotipo rs2836882 (emparejados por edad, sexo, tratamiento y actividad de la enfermedad).

ETS2 coordina la inflamación de los macrófagos.
A continuación, estudiamos los efectos del aumento de la expresión de ETS2, ya que este factor influye en el riesgo de padecer la enfermedad. Para ello, optimizamos un método de sobreexpresión controlada de genes diana en macrófagos primarios mediante la transfección de ARNm transcrito in vitro, modificado para minimizar la inmunogenicidad. Se transfectaron macrófagos en reposo, no activados, con ARNm de ETS2 o su complemento inverso, controlando así la cantidad, la longitud y la composición de purinas/pirimidinas del ARNm. Tras la transfección, las células se expusieron a lipopolisacárido en dosis bajas para inducir una respuesta inflamatoria leve que podría amplificarse. Observamos que la sobreexpresión de ETS2 aumentó la secreción de citocinas proinflamatorias, mientras que la IL-10 se vio menos afectada.
Para caracterizar mejor esta respuesta, realizamos un análisis de ARN-seq y reexaminamos las vías inflamatorias que requieren ETS2. Cabe destacar que todas estas vías —incluida la activación de macrófagos, la producción de citocinas, la producción de especies reactivas de oxígeno (ROS), la fagocitosis y la migración— se indujeron de forma dosis-dependiente mediante la sobreexpresión de ETS2, observándose un mayor enriquecimiento de cada vía al transfectar una mayor cantidad de ARNm de ETS2. Esto demuestra que ETS2 es necesario y suficiente para las respuestas inflamatorias en macrófagos humanos, lo que concuerda con su papel como regulador central de las funciones efectoras, cuya desregulación está directamente relacionada con la enfermedad.

ETS2 tiene un papel patogénico clave en enfermedad inflamatoria intestinal (EII).
Para comprobar si ETS2 contribuye a los fenotipos de macrófagos en la enfermedad, comparamos los efectos de la sobreexpresión de ETS2 en macrófagos en reposo con una firma de ARN-seq de célula única (scRNA-seq) de macrófagos intestinales en la enfermedad de Crohn. La sobreexpresión de ETS2 indujo un estado transcripcional muy similar al de los macrófagos patológicos, con un enriquecimiento central (de vanguardia) de la mayoría de los genes característicos, incluyendo varias dianas terapéuticas. Se observó un enriquecimiento similar con genes mieloides de otras enfermedades asociadas al cromosoma 21q22 y, en menor medida, de infecciones bacterianas activas, pero no con genes de macrófagos de influenza y tumores, lo que sugiere que ETS2 no se limitaba a inducir una activación genérica.
Dado el papel central de ETS2 en los macrófagos inflamatorios y la importancia de estas células en las enfermedades, planteamos la hipótesis de que otras asociaciones genéticas también implicarían esta vía. Un objetivo principal de los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) era identificar vías patogénicas, pero esto ha resultado difícil debido a la escasez de genes y variantes causales identificados con certeza. Para determinar si la vía de ETS2 en macrófagos estaba enriquecida con genes relacionados con enfermedades, nos centramos en la enfermedad inflamatoria intestinal (EII), ya que presenta más resultados positivos en los GWAS que cualquier otra enfermedad asociada al cromosoma 21q22. De manera alentadora, se encontró previamente una red de 33 genes asociados a la EII en la mucosa intestinal que estaba enriquecida con motivos ETS2 predichos. Al examinar los genes que se regularon negativamente de manera consistente en macrófagos editados con ETS2 (P ajustada (Padj) < 0,05 para ambos ARN guía), identificamos más de 20 genes asociados al riesgo de EII, incluidos muchos que se consideran causales en sus respectivos loci. Estos incluyeron genes que se sabe que afectan la biología de los macrófagos (como SP140, LACC1, CCL2, CARD9, CXCL5, TLR4, SLAMF8 y FCGR2A) y algunos que se expresan en gran medida en los macrófagos pero no están vinculados a vías específicas (como ADCY7, PTPRC, TAGAP, PTAFR y PDLIM5). Una puntuación de riesgo poligénico que comprende estas variantes asociadas con características de EII más severa en 18,249 pacientes, incluyendo inicio más temprano de la enfermedad, mayor necesidad de cirugía y complicaciones estenosantes o fistulizantes en la enfermedad de Crohn. Para probar mejor el enriquecimiento de los hallazgos de GWAS de EII en la inflamación mediada por ETS2, y comparar esto con vías de enfermedad conocidas, usamos SNPsea un método para identificar vías afectadas por loci de enfermedad. En total, 241 loci de EII fueron probados para enriquecimiento en 7,658 vías biológicas GO y 2 listas superpuestas de genes regulados por ETS2 (ya sean regulados a la baja por la disrupción de ETS2 o regulados al alza por la sobreexpresión de ETS2). La significación estadística se calculó usando 5 millones de conjuntos de SNP nulos emparejados, y las vías implicadas por la genética de EII se extrajeron para comparación. Cabe destacar que los SNP asociados a la EII se enriquecieron significativamente más en la vía ETS2 de los macrófagos que en muchas otras vías de la EII, sin que ningún conjunto de SNP nulos se enriqueciera más en ninguna de las listas de genes regulados por ETS2. Los SNP asociados a la colangitis esclerosante primaria (CEP), la espondilitis anquilosante y la arteritis de Takayasu también se enriquecieron en genes diana de ETS2. En conjunto, esto sugiere que la señalización de ETS2 en los macrófagos desempeña un papel central en múltiples enfermedades inflamatorias.

ETS2 has distinct inflammatory effects
We next investigated how ETS2 might control such diverse macrophage functions. Studying ETS2 biology is challenging because no ChIP-grade antibodies exist, precluding direct identification of its transcriptional targets. We therefore first used a guilt-by-association approach to identify genes that were co-expressed with ETS2  across 67 human macrophage activation conditions (comprising 28 stimuli and various durations of exposure). This identified PFKFB3—encoding the rate-limiting enzyme of glycolysis—as the most highly co-expressed gene, with HIF1A also highly co-expressed. Together, these genes facilitate a ‘glycolytic switch’ that is required for myeloid inflammatory responses. We therefore hypothesized that ETS2 might control inflammation through metabolic reprogramming—a possibility supported by OXPHOS genes being negatively correlated with ETS2  and upregulated after ETS2 disruption. To assess the metabolic consequences of disrupting ETS2, we quantified label incorporation from ¹³C-glucose in edited and unedited TPP macrophages using gas chromatography coupled with mass spectrometry (GC–MS). Widespread modest reductions in labelled and total glucose metabolites were detected after ETS2 disruption. This affected both glycolytic and tricarboxylic acid (TCA) cycle metabolites, with significant reductions in lactate, a hallmark of anaerobic glycolysis, and succinate, a key inflammatory metabolite These results are consistent with glycolytic suppression, with reductions in TCA metabolites being due to reduced flux into TCA and increased consumption by mitochondrial OXPHOS. To determine whether metabolic changes accounted for ETS2-mediated inflammatory effects, we treated ETS2-edited macrophages with roxadustat—a HIF1α stabilizer that promotes glycolysis. This had the predicted effect on glycolysis and OXPHOS genes, but did not rescue the effects of ETS2 disruption, either transcriptionally or functionally. Thus, while disrupting ETS2 impairs macrophage glycometabolism, this does not fully explain the differences in inflammation.
We therefore revisited whether we could directly identify ETS2-target genes. As ChIP–seq involves steps that can alter protein epitopes and prevent antibody binding (such as fixation) we tested whether any anti-ETS2 antibodies might work for cleavage under targets and release using nuclease (CUT&RUN), which does not require these steps. One antibody identified multiple significantly enriched genomic regions (peaks), of which 6,560 were reproducibly detected across two biological replicates with acceptable quality metrics. These peaks were mostly located in active regulatory regions (90% in promoters or enhancers) and were highly enriched for both a canonical ETS2 motif (4.02-fold versus global controls) and for motifs of known ETS2 interactors, including FOS, JUN and NF-κB. After combining the biological replicates to improve peak detection, we identified ETS2 binding at genes involved in multiple inflammatory functions, including NCF4 (ROS production), NLRP3 (inflammasome activation) and TLR4 (bacterial pattern recognition). Overall, 48.3% (754 out of 1,560) of genes dysregulated after ETS2 disruption and 50.3% (1,078 out of 2,153) of genes dysregulated after ETS2 overexpression contained an ETS2-binding peak within their core promoter or cis-regulatory elements.
Notably, ETS2 targets included  HIF1A, PFKFB3  and other glycolytic genes (such as GPI, HK2 and HK3), consistent with the observed metabolic changes being directly induced as part of this complex inflammatory programme. Notably, we also detected ETS2 binding at the chr21q22 enhancer. This is consistent with reports that PU.1 and ETS2 can interact synergistically, and suggests that ETS2 might contribute to the activity of its own enhancer.
Indeed, manipulating ETS2 expression altered enhancer activity in a manner consistent with positive autoregulation. Together, these data implicate ETS2 as a central regulator of monocyte and macrophage inflammatory responses that is able to direct a multifaceted effector programme and create a metabolic environment that is permissive for inflammation.

Dirigirse a la vía ETS2 en la enfermedad
Para evaluar cómo la vía ETS2 afecta la heterogeneidad de los macrófagos en el tejido enfermo y si esto podría ser un objetivo terapéutico, examinamos datos de secuenciación de ARN de célula única intestinal de pacientes con enfermedad de Crohn e individuos control sanos. Dentro de las células mieloides, se detectaron siete grupos, identificados mediante marcadores establecidos y/o bibliografía previa. Los macrófagos inflamatorios (grupo 1, que expresa CD209, CCL4, IL1B y FCGR3A) y los monocitos inflamatorios (grupo 2, que expresa S100A8/A9, TREM1, CD14 y MMP9) se expandieron en la enfermedad, como se describió previamente, y expresaron ETS2 y genes regulados por ETS2 en mayor medida que otros grupos, incluidos los macrófagos residentes en el tejido (grupo 0, que expresa C1QA, C1QB, FTL y CD63) y las células dendríticas convencionales (grupo 5, que expresa CLEC9A, CADM1 y XCR1). Mediante transcriptómica espacial, se observó un aumento similar de macrófagos inflamatorios en el tejido hepático de pacientes con colangitis esclerosante primaria (CEP), con estas células muy próximas a los colangiocitos, principal objetivo de la patología. Cabe destacar que la expresión de genes regulados por ETS2 era mayor cuanto más cerca se encontraban los macrófagos de los colangiocitos.
De hecho, utilizando datos de secuenciación de ARN masiva, encontramos que la huella transcripcional de ETS2 era detectable en tejidos afectados de múltiples enfermedades asociadas al cromosoma 21q22.

DISCUSIÓN

Posiblemente, el mayor desafío de la genética moderna sea traducir el éxito de los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) en una mejor comprensión de la enfermedad. En este estudio, mediante el análisis de un locus de enfermedad pleiotrópica, identificamos un regulador central de la inflamación de los macrófagos humanos y una vía patogénica potencialmente susceptible de ser modulada farmacológicamente. Estos hallazgos también proporcionan pistas sobre las interacciones gen-ambiente en este locus, lo que subraya un posible papel de ETS2 en las respuestas de los macrófagos a las bacterias. Esto proporcionaría una presión selectiva equilibradora que podría explicar por qué el alelo de riesgo sigue siendo tan común (frecuencia de alrededor del 75 % en europeos y >90 % en africanos) a pesar de haber sido detectado por primera vez en humanos arcaicos hace más de 500 000 años.
Aunque se ha informado que ETS2 tiene efectos proinflamatorios en genes individuales, el alcance total de su programa inflamatorio —con efectos sobre la producción de ROS, la fagocitosis, el metabolismo de la glucosa y la activación de macrófagos— no estaba claro. Además, sin pruebas directas de los objetivos de ETS2, ni estudios en células humanas primarias, era difícil conciliar los informes de efectos antiinflamatorios en otros genes. Al caracterizar sistemáticamente los efectos de la disrupción y la sobreexpresión de ETS2 en macrófagos humanos, identificamos un papel esencial en la inflamación, delineamos los mecanismos implicados y mostramos cómo ETS2 puede inducir fenotipos patógenos en los macrófagos. El aumento de la expresión de ETS2 también puede contribuir a otras patologías humanas. Por ejemplo, el síndrome de Down (trisomía 21) se describió recientemente como una citocinopatía, caracterizada por aumentos basales de múltiples citocinas inflamatorias, incluyendo varias dianas de ETS2 (como IL-1β, TNF e IL-6). Se desconoce si la copia adicional de ETS2 contribuye a este fenotipo, pero justifica una mayor investigación.
El bloqueo de citocinas individuales es una estrategia de tratamiento común en enfermedades inflamatorias, pero la evidencia emergente sugiere que atacar varias citocinas a la vez podría ser un enfoque más eficaz. El bloqueo de la señalización de ETS2 mediante la inhibición de MEK1/2 afecta a múltiples citocinas, incluyendo TNF e IL-23, que son dianas de terapias existentes, e IL-1β, que está relacionada con la resistencia al tratamiento y no se modula directamente por otras moléculas pequeñas (como los inhibidores de JAK). Sin embargo, el uso prolongado de inhibidores de MEK podría no ser ideal debido a las funciones fisiológicas de MEK en otros tejidos, y se han reportado múltiples efectos secundarios. Dirigirse directamente a ETS2 —por ejemplo, mediante PROTACs— o administrar selectivamente inhibidores de MEK a los macrófagos a través de conjugados anticuerpo-fármaco podría superar esta toxicidad y proporcionar una forma más segura de bloquear la inflamación mediada por ETS2.

En resumen, partiendo de un hallazgo de GWAS intergénico, hemos identificado una vía susceptible de ser modulada farmacológicamente que es necesaria y suficiente para la inflamación de los macrófagos humanos. Además, demostramos cómo la desregulación genética de esta vía —mediante la alteración de la unión del factor pionero a un potenciador crítico de largo alcance— predispone a múltiples enfermedades. Esto pone de relieve la considerable oportunidad, aún en gran medida inexplorada, de dilucidar la biología de las enfermedades a partir de asociaciones genéticas no codificantes.