Miscelaneas

Buenos Aires 01 de Junio del 2021

The Human Gut Microbiome is Teeming With Viruses / El Microbioma Intestinal Humano Tiene Abundantes Virus  

 


The Human Gut Microbiome is Teeming With Viruses

 

               Dr. Alexandre Almeida (European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) / Wellcome Sanger Institute)
              Dr. Luis Camarillo-Guerrero (Wellcome Sanger Institute)
              Dr. Trevor Lawley (Wellcome Sanger Institute)

                                                                                               Cell – Feb 2021

                                                                                     Resumido por: Carmen Leitch

 

Using metagenomics tools, which sequence all of the viral material in a sample, researchers have investigated the viruses that call the human gut home.
Viruses are everywhere in the environment, and an astonishing 140,000 species of viruses have been found in samples from the human gastrointestinal tract. Many of these viruses are bacteriophages, which infect bacterial cells. Over half of these viruses have never been characterized before, the vast majority are not harmful and probably serve important functions.

The researchers assessed more than 28,000 microbiome samples that were gathered from individuals living in different parts of the world, and the genomic sequences of 2,898 species of bacteria isolated from the human gut. These samples came mainly from healthy individuals who didn't share any specific diseases
The human gut is an environment that is incredibly diverse. We still have a lot to learn about it and how the gut microbiome affects our health. For example, these many viruses could be playing a crucial role in our health.
It's important to remember that not all viruses are harmful, but represent an integral component of the gut ecosystem. Most of the viruses have DNA as their genetic material, which is different from the pathogens most people know, such as SARS-CoV-2 or Zika, which are RNA viruses. It's fascinating to see how many unknown species live in our gut, and to try and unravel the link between them and human health.,

The gut microbiome is well known as a crucial player in our health and well-being. Imbalances in the gut microbiome have been associated with disease. Many species of microorganisms in the gut means that it is important to understand exactly how it all works.

One group of viruses among the many that were discovered in this study is a highly prevalent clade (a group of organisms that's thought to have a common ancestor), this clade has termed Gubaphage. It's thought to be the second most common clade of viruses in the human gut. The most prevalent is crAssphage. Both of these viruses seem to infect similar types of human gut bacteria, until now, it is difficult to know the exact functions of the newly discovered Gubaphage.

High-quality viral genomes pave the way to better understand what role viruses play in our gut microbiome, including the discovery of new treatments such as antimicrobials from bacteriophage origin.
The data are in the Gut Phage Database (GPD), a database containing about 142,000 different phage genomes.


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Utilizando herramientas metagenómicas, que secuencian todo el material viral en una muestra, se ha investigado los virus que se hallan en el intestino humano.

Los virus están en todas partes en el medio ambiente.
Se han encontrado 140.000 especies asombrosas de virus en muestras del tracto gastrointestinal humano. Muchos de estos virus son bacteriófagos, que infectan las células bacterianas. Más de la mitad de estos virus nunca se han caracterizado antes, la gran mayoría no son dañinos y probablemente cumplen funciones importante

Los investigadores evaluaron más de 28.000 muestras de microbioma que se recogieron de individuos que vivían en diferentes partes del mundo y obtuvieron las secuencias genómicas de 2.898 especies de bacterias aisladas del intestino humano. Estas muestras provinieron principalmente de individuos sanos que no compartían ninguna enfermedad específica

El intestino humano es un ambiente increíblemente diverso. Todavía tenemos mucho que aprender al respecto y cómo el microbioma intestinal afecta nuestra salud. Por ejemplo, estos virus podrían estar desempeñando un papel crucial en nuestra salud.

Es importante recordar que no todos los virus son dañinos, sino que representan un componente integral del ecosistema intestinal. La mayoría de los virus tienen ADN como material genético, lo que es diferente de los patógenos que conocemos, como el SARS-CoV-2 o el zika, virus del ARN. Resulta fascinante ver cuántas especies desconocidas viven en nuestro intestino y tratar de desentrañar el vínculo entre ellas y la salud humana.,

El microbioma intestinal es bien conocido como un jugador crucial en nuestra salud y bienestar. Los desequilibrios en el microbioma intestinal se han asociado con  enfermedad. Muchas especies de microorganismos en el intestino significa que es importante entender exactamente cómo funciona todo.

Un grupo de virus entre los muchos que fueron descubiertos en este estudio es un “clade” altamente prevalente (un grupo de organismos que se cree que tienen un ancestro común), este “clade” se ha llamado Gubaphage. Se cree que es el segundo “clade”’ más común de virus en el intestino humano. El más frecuente es el crAssphage. Ambos virus parecen infectar tipos similares de bacterias intestinales humanas, hasta ahora, es difícil saber las funciones exactas del recién descubierto Gubaphage.

Los genomas virales de alta calidad allanan el camino para comprender mejor qué papel desempeñan los virus en nuestro microbioma intestinal, incluido el descubrimiento de nuevos tratamientos como los antimicrobianos de origen bacteriófago.
Los datos se encuentran en gut phage database (GPD), una base de datos que contiene unos 142.000 genomas de fagos diferentes.